Computer Hope

Software => Computer programming => Topic started by: dmatrix1 on September 10, 2012, 06:42:29 PM

Title: how to use GREP command to group lines
Post by: dmatrix1 on September 10, 2012, 06:42:29 PM

What I have is a folder full of Protein Database Files (.pdb) that are code in the following pattern:

HEADER    OXIDOREDUCTASE                          27-FEB-12   4DXH             
TITLE     HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+ AND 2,2,2-     
TITLE    2 TRIFLUOROETHANOL                                                     
COMPND    MOL_ID: 1;                                                           
COMPND   2 MOLECULE: ALCOHOL DEHYDROGENASE E CHAIN;                             
COMPND   3 CHAIN: A, B;                                                         
COMPND   4 EC: 1.1.1.1                                                         
SOURCE    MOL_ID: 1;                                                           
SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: EQUUS CABALLUS;                                 
SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: DOMESTIC HORSE,EQUINE;                             
SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9796;                                               
SOURCE   5 STRAIN: DOMESTIC HORSE;                                             
SOURCE   6 ORGAN: LIVER;                                                       
SOURCE   7 OTHER_DETAILS: LIVER                                                 
KEYWDS    ALCOHOL DEHYDROGENASE, NAD+,TRIFLUOROETHANOL, MICHAELIS COMPLEX       
KEYWDS   2 ROSSMANN FOLD, OXIDOREDUCTASE                                       
EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     
AUTHOR    B.V.PLAPP,S.RAMASWAMY                                                 
REVDAT   4   27-JUN-12 4DXH    1       JRNL                                     
REVDAT   3   16-MAY-12 4DXH    1       JRNL                                     
REVDAT   2   02-MAY-12 4DXH    1       TITLE                                   
REVDAT   1   11-APR-12 4DXH    0     

What I want to do is GREP out the title, author, compound, realease date (HEADER), and the source. As you can see the SOURCE for example is on multiple lines, what I want to do is create a table listing the categories mentioned above to generate a table with columns telling me the information. I cannot figure out how to group all the SOURCE (and any other category with multiple lines) into one line....

Title: Re: how to use GREP command to group lines
Post by: Rob Pomeroy on September 11, 2012, 07:28:15 AM

Er... use awk.